تعتبر المراحيض ومرافق الوضوء من الخدمات الأساسية للمسلمين، وهي ضرورية للوضوء والنظافة. إن ساحات المسجد النبوي مجهزة تجهيزاً جيداً بالكثير من هذه المرافق، والتي يتم صيانتها وتنظيفها بعناية. ويتم أيضًا تخزين مواد النظافة بشكل مستمر في هذه المرافق.
يتم توفير مرافق منفصلة للرجال والنساء، مما يضمن الخصوصية والراحة لجميع المصلين. وتتكون كل منشأة من أربعة طوابق تحت الأرض، تحتوي الطوابق الأول والثاني والرابع على دورات مياه ونوافير للوضوء، بينما تم تخصيص الطابق الثالث للخدمات الفنية.
علاوة على ذلك، تم تجهيز كل طابق بمراحيض يسهل الوصول إليها للأفراد ذوي الإعاقة، مما يعزز الشمولية وسهولة الوصول لجميع المصلين. تلعب هذه المرافق دورًا حاسمًا في ضمان قدرة المصلين على أداء واجباتهم الدينية في بيئة نظيفة ومريحة.