يتميز المسجد النبوي بقبة خضراء مميزة تعلو الحجرة النبوية الشريفة، لتكون بمثابة رمز بارز. تم طلاء هذه القبة باللون الأخضر عام 1253هـ ويمكن رؤيتها من مسافة للزائرين القادمين من الجنوب أو الشرق لعدم وجود أبنية عائقة.
ومن المثير للاهتمام أن القبة لم يتم بناؤها إلا في عهد السلطان قلاوون وكانت تحمل في البداية لون الخشب المستخدم في بنائها. مع مرور الوقت، خضعت لعدة تغييرات في اللون، حيث تم طلاءه باللون الأبيض، ثم الأزرق، قبل أن يعود أخيرًا إلى لونه الأخضر الحالي. كانت تعرف في البداية باسم القبة البيضاء، الفيحاء، والقبة الزرقاء، ثم أصبحت تُعرف فيما بعد باسم القبة الخضراء.
وتماشياً مع أعمال الصيانة المستمرة للحجرة الشريفة، يتم تجديد طلاء القبة بانتظام لمعالجة أي تغيرات في اللون ناتجة عن الظروف الجوية. وهذا يضمن استمرار القبة في مكانتها كميزة مهمة للمسجد النبوي.